Специальная школа №123 открылась в 1983 году для обучения детей с нарушениями интеллекта в г. Свердловске по адресу: ул. Вишневая, 49. В ней обучались дети Октябрьского и Кировского районов города.

В 1986 году школе было выделено новое здание по адресу: ул. Софьи Ковалевской, 10, и после капитального ремонта школа начала функционировать.

В связи с тем, что контингент учащихся увеличился со 100 человек до 200, в 1994г. было выделено здание по ул. Бажова, 47/1. А в 1995г. школа получила еще одно здание по ул. Красина, 37. Оба здания начали работать после капитального ремонта.

В 2000г. из-за уменьшения контингента учащихся филиал школы по ул. Бажова, 47/1  перестал функционировать.

Специальная (коррекционная) школа № 123 одна из первых в Свердловской области начала обучать детей с умеренной и тяжёлой умственной отсталостью. В период с 1998 по 2002 г.г. на базе образовательного учреждения функционировала экспериментальная площадка по внедрению педагогических технологий в коррекционно-образовательный процесс обучающихся с выраженным нарушением интеллекта под руководством кандидата педагогических наук Маллера А.Р., доцента Академии повышения квалификации и профессиональной переподготовки работников образования (г. Москва).

С 1 сентября 2007 года ГОУ СО «СКШ № 123» организовало обучение воспитанников с умеренной и тяжёлой умственной отсталостью на базе Екатеринбургского детского дома-интерната. До этого времени детей данного учреждения никто не обучал. На первых этапах организации обучения уроки проходили в спальном корпусе, в игровых комнатах. Сейчас школа занимает отдельный этаж одного из корпусов ЕДДИ, это позволяет оформлять учебные кабинеты в соответствии с современными требованиями коррекционного образования и санитарными нормами. На базе детского дома открыто 20 классов.

Таким образом, в настоящее время образовательное учреждение функционирует в 3-х учебно-воспитательных корпусах находящихся в разных района г. Екатеринбурга (Кировский, Чкаловский) и является единственным коррекционно-образовательным учреждением Кировского района.

С 1 января 2006 года школа передана в ведомственное подчинение Министерства общего и профессионального образования Свердловской области. В июле 2016 года государственное казенное специальное (коррекционное) образовательное учреждение Свердловской области для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа № 123» переименована в Государственное казенное общеобразовательное учреждение Свердловской области «Екатеринбургская школа № 3, реализующая адаптированные основные общеобразовательные программы».

В здании по ул. С. Ковалевской размещены классы средней и старшей школы, а также административные службы. По ул. Красина – начальная школа и классы для детей с умеренной и тяжелой умственной отсталостью. На Ляпустина,4 обучаются дети с 1 по 10 классы, имеющие умеренную и тяжелую умственную отсталость, являющиеся воспитанниками Екатеринбургского детского дома-интерната для умственно отсталых детей.